日本留学再出境的申请流程如下：
海关出境检查
如果有物品需要申报，请如实填写海关申报单，并走红色通道办理海关手续。
如果没有需要申报的物品，凭护照和机票进入绿色通道，到所在航班的柜台处办理登机和行李托运手续，领登机牌。
走到出关检查口时，填一张出境卡并出示护照。
办理卫生检疫手续
出示健康证明（出国一年以上的中国籍旅客必须要出示）。
边防检查
提交有效护照、证件、前往国签证、出境登记卡及有关部门签发的出国证明（如资格认定书和入学通知书）。
安全检查
出示有效身份证件、飞机票、登机牌，走过金属探测器门，随身携带的物品需要通过X光机探测。一些物品如违禁品和超过规定数额的现金等需要特别注意。
领取再入国许可
回国时间不超过一年的话，在机场填写再入国用ED卡，并将其和在留卡一起交给出国审查柜台的海关人员，以申请“みなし再入国許可”。海关人员会在你的护照上附上这个表格的一部分，作为你返回日本时的入境凭证。
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